متابوليسم اسيدهاي هسته اي و سنتز پروتئين كه در ارتباط نزديك هستند، مرحله بحراني متابوليسم مي باشند. اين مواد عمدتاً مسئول انتقال اطلاعات ژنتيكي از dna به پروتئينهاي فعال آنزيم ها و پروتئين هاي ساختماني مي باشند. اين مولكولها فاكتورهاي اصلي در تعيين شكل و عمل ارگانيسم ها مي باشند. اين فرايند با مضاعف شدن dna آغاز شده و از طريق نسخه برداري rna و ترجمه رمز به صورت پروتئين ها دنبال مي شود. اين فرآيند پيچيده شامل واكنش هاي بسياري است كه به فاكتورهاي متعددي نياز دارد. جزئيات اين گروه از واكنش ها به طور مشروح در كليه كتابهاي بيوشيمي و فيزوبيولوژي عمومي آورده شده و در اينجا بررسي نخواهد شد. با اطمينان بايد گفت علف كشي كه هر يك از واكنش هاي اين فرآيند را به طور قابل ملاحظه اي تغيير مي دهد، مي تواند تأثير عميقي بر رشد و نموگياه داشته باشد. اثر 2,4-d بر روي اين فرآيند به طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته و نتايج اين مطالعات توسط چري (1976) گردآوري شده است كه در فصل مربوط به فونوكسي در همين كتاب ارائه مي شود. نتيجه تيمار كردن يك گياه حساس با 2,4-d تشديد فعاليت rna پليمراز و افزايش سنتز rna و پروتئين است كه با تكثير توده اي سلول در بافت بعضي از اندام ها همراه مي باشد. البته در غلظت هاي زياد علف كش امكان جلوگيري از اين فرايندها وجود دارد.كلروپلاست و ميتوكندريها هر دو حاوي dna هستند كه از تركيب بازي خود با dna هسته اي تفاوت دارند. رويداد سنتز dna، سنتز rna از روي dna و سنتز پروتئين نيز در اين اندامكها مشاهده شده است. اغلب علف كش هايي كه از جذب اكسيژن به وسيله ميتوكندري و آزاد شدن اكسيژن توسط كلروپلاستها جلوگيري مي كنند، نيز با متابوليسم اسيدهاي هسته اي و سنتز پروتئين تداخل عمل دارند. ساير محل هاي واكنش به وسيله اين علف كش ها كه در مطالعات اندازه گيري كوتاه مدت اكسيژن مشخص نمي شوند نيز ممكن است در مجموعه عكس العمل هاي بيوشيميايي اين علف كش ها سهيم باشند.