هر چند هميشه تفاوت هاي بين كاتاليزگرهاي ابرمولكولي و كاتاليزگرهاي «عادي » (آنزيم هاي جانداران ) آشكار نيست (به ويژه زماني كه يون هاي فلزي در ساختار كاتاليزگر حضور دارند) يكي از عرصه هايي كه شيمي ابر مولكول ها مي تواند در آن نقش مهمي ايفا كند ، كاتاليزكردن گزينشي است . تشخيص گزينشي سوبسترا و پايدار ساختن حالت گذار كه در آنزيم هاي جهان زنده ديده مي شود ، الهام بخش شيميدان ها در اين زمينه بوده است .

لوييجي ماندوليني14 و همكارانش نوعي ابر مولكول كاتاليزگر را گزارش كرده اند كه سه خصوصيت ويژه ي آنزيم ها را از خود نشان دهد : اختصاصي عمل كردن ، پايدار كردن حالت گذار و «عدد تبديل »15 بسيار بالا . اين «يورانيل سالينوفان » افزودن گروه هاي تيول را به موقعيت هاي 1 و 4 كتون هاي سير نشده در موقعيت هاي آلفا و بتا، در دماي اتاق تسهيل مي كند .

نولت16 و همكارانش مدل سيتوكروم P450 (يكي از آنزيم هاي مهم در متابوليسم داروها ) را ساخته اند . اين مدل به عنوان اكسيد كننده از اكسيژن بهره مي گيرد ، به عنوان مركز كاتاليزگر از متالوپورفيرين استفاده مي كند ، يك عامل كاهنده به عنوان دهنده ي الكترون دارد و براي نگه داشتن همه ي اجزا در كنار يك ديگر ، درون غشاي مصنوعي جاي داده شده است .

روش عمل آنزيم: