آنجا که تحلیلهای اقتصادسنجی به ویژه برآورد ضرایب و استنتاج آماری نیاز به محاسبات بسیار سنگین دارند، و همچنین برای ترسیم نمودارهای گرافیکی، استفاده از نرمافزارهای اقتصادسنجی در کارهای تجربی ناگزیر مینماید. همچنین از بعضی امکانات این نرمافزارها مثل شبیه سازی مونتکارلو برای پیشبرد نظری اقتصادسنجی استفاده میشود.
عموم نرمافزارهای آماری در اقتصادسنجی به کار میروند. در دانشگاههای ایران بیشتر نرمافزارهای ایویوز (EViews) و استتا (Stata) توسط دانشجویان و اساتید اقتصادسنجی مورد استفاده قرار میگیرند. ایویوز نرمافزاری است که در سال ۱۹۹۴ جایگزین نرمافزار مایکرو تی اس پی (MicroTSP) شد که از سالیان دور مورد استفاده دانشجویان اقتصاد قرار داشت. نقطه قوت ایویوز داشتن امکاناتی است که به خصوص در پروژههای سری زمانی به محقق اجازه میدهند به سرعت مدلهای مورد نیاز خود را برآورد و از جنبههای مختلف آزمون کند. همچنین منوهای این نرمافزار دسترسی به امکانات مختلف را به آسانی در اختیار کاربر قرار میدهد و نیاز چندانی به استفاده از خط فرمان نیست. استتا نرمافزاری است که قدرت و سرعت فوقالعادهای در کار با دادههای بسیار حجیم (مثل دادههای بودجه خانوار) دارد. همچنین امکانات برنامهنویسی فراوان و کدهای از پیش نوشته شده و منتشر شده در وب توسط کاربران این نرمافزار، آن را به یکی از نرمافزارهای اصلی بین اقتصادسنجیکاران تبدیل کرده است. کار کردن با این نرمافزار بیشتر به نوشتن دستورات در خط فرمان متکی است تا استفاده از منوها.
دو نرمافزار ذکر شده تجاری هستند اما در سالهای اخیر استفاده از نرمافزار متن باز و رایگان آر (R) نیز برای انجام پروژههای اقتصادسنجی باب شده است. همجنین بسته نرمافزاری مایکروفیت (Microfit) با همکاری محمدهاشم پسران اقتصاددان ایرانی توسط انتشارات دانشگاه آکسفورد عرضه شدهاست که برای اقتصادسنجی سری زمانی مناسب است