يكي از مشكلات حياتي كه امروزه سازمان‏ها با آن مواجه هستند اين است كه آنها به گستره خدمات‌رساني نرم‏افزارهاي ERP كاملاً واقف هستند. واضح است كه يك سيستم ERP را نمي‏توان هميشه به عنوان يك نرم‏افزار كاربردي تصميم‏گيري مورد استفاده قرار داد و تنها يك سيستم APS يا SCM مي‏تواند براي فهم بهتر نيازهاي برنامه‏ريزي و زمان‌بندي براي بهبود عمليات مورد استفاده قرار گيرد. اين نرم‏افزارها اهداف متفاوتي دارند و نتايج بدست آمده بر مبناي چگونگي پياده‏سازي، ادغام و اجراي آنها خواهد بود. نرم‏افزار كاربردي APS براي برنامه‏ريزي و زمانبندي، SCM براي هماهنگي و بهينه‏سازي شبكه زنجيره تامين و براي تامين اطلاعات مورد نياز و قوانين تجاري عمليات‏هاي مختلف مورد استفاده قرار مي گيرد.
تفاوت آشكار ERP آن است كه برنامه‏ريزي براي تقاضا، مواد، توليد و لجستيك در ERP مجزا از يكديگر انجام مي‏شود. بنابراين هيچ چشم‏اندازي به محدوديت‏هاي موجود ميان عمليات تجاري وجود ندارد. اين اتفاق در SCM و APS رخ نمي‏دهد. در اين نرم‏افزارها برنامه‏ريزي براي محدوديت‏ها همزمان با وقايع حقيقي انجام مي‏شود و اين امر به كاربر كمك مي‏كند تاثير آن بر فرايندهاي كسب و كار را درك كند. به طور مثال هنگامي كه در نرم‏افزار SCM در تاريخ تحويل سفارش يك مشتري تغييري ايجاد شود، همزمان هماهنگي‏هاي لازم با تامين كننده براي تهيه و تحويل مواد خام، هماهنگي با بخش توليد براي ايجاد تغيير در تاريخ تحويل، هماهنگي براي زمان و مكان ورود كالا به انبار و فرايند لجستيك بدون ايجاد هزينه اضافي انجام مي‏شود.

سيستم ERP نمي‏تواند به سرعت محاسبه كند كه چگونه تغيير در تاريخ تحويل سفارش مشتري مي‏تواند بر عملكرد كل سيستم تاثير گذار باشد. با كمك نرم‏افزار APS مي‏توان تحليل كرد كه تغيير يك سفارش چگونه بر سفارش ساير مشتريان تاثير مي‏گذارد. يك سيستم APS همچنين مي‏تواند محاسبه كند كه راهكار‏ نهايي بر مبناي محدوديت‏هاي مواد، ظرفيت و لجستيك چه خواهد بود. علاوه بر اين APS افق‏هاي برنامه‏ريزي بلند مدت تا كوتاه مدت را نيز در نظر مي‏گيرد. با استفاده از اين نرم‏افزار شركت‏ها مي‏توانند اقدام موثر و كار آمدي براي مقابله با تغييرات انجام دهند و هزينه اضافي نيز ايجاد نكنند. جدول زير ويژگي‏هاي اصلي برنامه ريزي ERP، SCM و APS را نشان مي دهد.