کودتاي سوم اسفند ماه 1299 ه.ش. تحولاتي را در امور قشون به همراه داشت. از جمله اين تحولات، انحلال و ادغام لشکر قزاق و ژاندارمري کشور بود که به قصد ادغام کليه نيروها و تمرکز بخشيدن به ارتش انجام شد. به موجب همين تصميم، مي بايست نهادي آموزشي در سطح ارتش آن روز فراهم مي شد، تا به آموزش کادر افسري ارتش با اهداف جديد و تحت شرايط و برنامه يکسان بپردازد. لذا به موجب حکم عمومي قشون - شماره يک بهمن ماه 1300 ه. ش. صادره از سوي وزير جنگ وقت(رضا خان)، به "سرهنگ عزيزالله ضرغامي" به عنوان رياست کل مدارس نظام، ابلاغ شد که مدرسه هاي قزاقخانه، مشيرالدوله، بيطاري و مدرسه صاحب منصبان ژاندارمري را با يکديگر ادغام نموده و يک مدرسه واحد به نام "مدرسه نظام کل قشون" تأسيس نمايد. اين مدرسه جديد متشکل از چهار مدرسه ابتدايي، متوسطه، عالي و دامپزشکي تشکيل گرديد و تحت نظارت ارتش به کار تربيت و آموزش نظاميان پرداخت.
مدرسه کل قشون در ابتدا به طور موقت در محل کنوني دادگستري داير گرديد و سپس از آنجا به عمارت مسعوديه منتقل شد. مدتي بعد، در مهرماه 1302، محل کنوني دانشگاه افسري که پارکي مصفا و مجموعه کاخهاي متعلق به کامران ميرزا بود، به عنوان محل دائمي مدرسه انتخاب شد و مدرسه به آنجا تغيير مکان داد. در اندک مدتي، نقشه هاي ساختماني طبق اصول مهندسي تهيه شد و پس از تصويب به مرحله اجرا درآمد. همزمان با تکميل ساختمان، انواع وسايل آموزشي، آزمايشگاهي، تمريني و ورزشي جديد نيز تهيه و نصب شد و در معرض استفادهً دانشجويان قرار گرفت.
در سال 1303 براي جبران کمبود افسران، يک آموزشگاه ستواني نيز به تشکيلات مدرسه افزوده شد که طول دوره آن، يک سال بود. فارغ التحصيلان مدرسه عالي با درجه ستوان دومي و فارغ التحصيلان اين آموزشگاه با درجه ستوان سومي وارد ارتش مي شدند.
در سال 1302 ه.ش. عده اي از افسران با رسته هاي مختلف که مقدمات معلومات نظامي را در ايران طي کرده بودند جهت تکميل دانش نظامي و آشنايي با فنون پيشرفته که در اروپا متداول بود به فرانسه اعزام شدند. بازگشت افسران اعزامي از فرانسه در سال 1305 ه. ش. تغيير ساختار مدرسه نظام کل قشون را براي شبيه شدن بيشتر آن به "سن سير" فرانسه، به همراه داشت.
بدين شکل که مدارس چهارگانه ياد شده، به سه مدرسه ابتدايي با شش پايه، کلاس متوسط با چهار پايه و عالي با دو پايه، تبديل شدند و آموزشگاه ستواني نيز تعطيل شده و در مهرماه 1307 با ساختار آموزشي جديد و طول دوره دو سال، مجدداً بازگشايي شد. طول دوره اين آموزشگاه از سال 1314 تا 1320، سه سال بود.
اولين دانشجويان مدرسه عالي کل قشون، 19 نفر بودند ( از قرار 16 نفر در رسته پياده، يک نفر در رسته سوار و دو نفر مهندس) که در مهرماه 1302 از مدرسه فارغ التحصيل شدند. اگر چه با جرياناتي که روي داد به درجه ستوان دومي نرسيدند.