قتل عام مردم اصفهان شهر اصفهان از نظر آبادی و صنعت و هنر در مركز فلات ایران برای كلیه كسانیكه به ایران هجوم می آوردند مورد توجه بود. تیمور دنبال بهانه ای بود كهاصفهان را فتح كند.
تیمور زمانی كه در خراسان بود دچار یك نوع بیماری شد كه پزشكان تشخیصدادند كه این بیماری در نتیجه گرمی مزاج است و تنها آبلیموی شیراز است كهرفع این بیماری را می كند. تیمور از این جهت نامه ای به شاه منصور از آلمظفر فرستاد و از او درخواست كرد كه چندین ظرف بزرگ آبلیموی شیراز به سرعتبه خراسان بفرستد. شاه منصور در جواب تیمور نوشت: «من دكان عطاری ندارم كهتو مرا تحقیر می كنی و خیال می كنی كه از نسل چنگیز هستی و من برای توآبلیمو بفرستم.
این كار خیال باطلی است. اگر هم آبلیموفروش بودم برای تونمی فرستادم.» در آن زمان آل مظفر بر كرمان، شیراز، اصفهان و خوزستانفرمانروا بودند و مركز حكومت آنان شیراز بود. حاكم اصفهان عموی سلطان زینالعابدین پادشاه مظفر بود و نظر داشت كه اگر تیمور به اصفهان حمله كند ماباید دروازه های شهر را روی او باز كنیم ولی شاه منصور مظفری اعتقاد داشتكه باید در مقابل تیمور ایستادگی كرد.
در آن موقع اصفهان دارای دیوار وبرج و باروی محكمی بود كه قطر آن آن قدر پهن بود كه یك گاری می توانست رویدیوار شهر حركت كند. تیمور لنگ از راه همدان و گلپایگان خود را به سدهاصفهان رسانید و در آنجا پس از كسب اطلاعات وسیعی از وضعیت اصفهان شهر رااز بهار سال ۷۸۹ محاصره كرد. علمای شهر به اتفاق حاكم شهر توافق كردند كهاز تیمور امان بخواهند و در عوض به او باج و خراج بدهند تا شهر دچار قتل وكشتار نشود. در این موقع امیرمنصور مظفری برای جمع آوری سپاه از طریقشیراز به خوزستان به ویژه دزفول رفت.
اما حاكم وقت به تیمور قول پرداختباج و خراج داد و سه هزار سرباز تاتار برای گرفتن باج و مالیات وارد منازلمردم اصفهان شدند. یكی از اهالی اصفهان به نام «علی كچه پا» گروهی را دورخود جمع كرد و به آنها گفت كه به محض شنیدن صدای طبل در نیمه شب به همهسربازان تاتار حمله برده و آنان را بكشید. فردای آن شب تیمور شنید كه سههزار سرباز او كشته شده اند، لذا دستور قتل عام صادر كرد و برای آوردن هرسر از كشته شدگان بیست دینار جایزه تعیین كرد. سربازان تاتار آن قدر باخود سر آوردند كه تیمور دیگر نمی خواست پول بدهد و قیمت هر سر را به نیمدینار رسانید. لذا وقتی كه تعداد سرها به هفتادهزار نفر رسید، كشتار رامتوقف كرد ولی بچه های یتیم زیادی در شهر به جا ماندند. تیمور ابتدا مردمباقی مانده را وادار كرد كه كشته شدگان تاتار را دفن كنند. در نزدیك مسجدجامع اصفهان در یك منطقه مرتفع تمام بچه های كشته شدگان توسط یكی ازبزرگان شهر جمع آوری شدند. امیرتیمور وقتی كه به سمت كودكان نظر كرد،پرسید كه این نگون بختان خاك نشین كیستند آن مرد بزرگ گفت: كودكان بینواهستند كه پدر و مادرشان به تیغ سربازان تو هلاك شده اند و تو به خاطر خدابه این موجودات بی گناه رحم كن. تیمور چیزی نگفت و به آن سویی كه كودكانبودند راند و چنان نمود كه ایشان را ندیده است. سواران از پی او شتافتند وبر آنان گذشتند و كودكان را به سم اسبان كوفتند و خرد كردند و در زیر پایاسبان با خاك یكسان كردند.
پس از این قتل عام، تیمور با سپاهیان خود به سمت شیراز حركت كرد. اهالیشهر دروازه ها را گشودند در حالی كه ملك منصور از آل مظفر در دزفول بود.او بعد از آنكه هر كس از آل مظفر را كه در شیراز اسیر نموده بود كشت بهمردم صدمه ای وارد نكرد و شاعر بزرگ شیراز یعنی حافظ را خواست و به او گفتكه من قسمت بزرگی از جهان را به ضرب شمشیر گشودم و هزاران شهر را ویرانكردم تا پایتخت های خود را آباد و زیبا كنم و تو آن را كه سمرقند باشد بهخال هندویی می بخشی. خواجه فی البداهه جواب داد، ای سلطان این بخشش های بیجا بود كه مرا به این روزگار فلاكت بار انداخت. تیمور از این جواب حافظخوشش آمد و او را بخشید و انعامی به او داد. تیمور سپس به تعقیب بقیهسلاطین آل مظفر روانه خوزستان شد و به اتفاق شاهرخ به جنگ شاه منصور رفت واو را كشت و با كشته شدن او سلسله آل مظفر منقرض شد. بالاخره تیمور بعد ازاین همه كشتار و وحشیگری به اترار رفت و در آنجا مرد. او در مقبره ای بهسال ۱۴۰۵ میلادی دفن شد كه تیمور قبلا دستور داده بود به صورت یك ساختمانمجلل بسازند و مادر او بی بی خانم در آن دفن شده بود و بعدا عده دیگری ازخاندان تیموری نیز در آن دفن شده بودند. وقتی تیمور در آن مدفون شد، اینمكان به گور امیر معروف شد.