اجراي موفق تئوري محدوديتها مستلزم اجراي الگوريتمي با 5 گام اساسي زير است :
• قدم اول - شناسايي محدوديتها ( Identify Constraint )
محدوديت هاي سازمان ( فرايند ) بايد كاملا شناسايي شوند .
• قدم دوم – بهره برداري از محدوديت ها) Exploit Constraint ):
ارائه طرحي براي بهره برداري كامل از محدوديتهاي سازمان ، در اين مرحله از روشهاي مختلفي چون از بين بردن ظرفيت مازاد در صورت داشتن محدوديت فروش، قراردادن ذخيره موقت پيش از محدوديت و انجام بازرسي و كنترل كيفيت قبل از محدوديت مي توان استفاده كرد .
• قدم سوم – پشتيباني ساير فرايندها (Subordinate processes ) :
بررسي و اطمينان از اينكه تمام وظايف غيرمحدوديتي، اجراي قدم دوم را به طور همزمان پشتيباني مي كنند
• قدم چهارم - بالابردن سطح محدوديت) (Elevate the Constraint:
منظور با لا بردن سطح منابع و امكانات مي باشد .
• قدم پنجم – تكرار چرخه ( قدم اول تا چهارم ) (repeat cycle ) :
هنگامي كه محدوديت شكسته شد به مرحله 1 بازگرديد

ابزارهاي موردنياز براي كاربرد تئوري محدوديتها :
ابزارهايي كه گلدرات براي كاربرد تئوري محدوديتها ايجاد كرد، عبارت از پنج درخت منطقي و قوانين حاكم بر آنهاست كه عبارتند از: درخت واقعيتهاي جاري، نمودار رفع ناسازگاري؛ درخت واقعيت آتي، درخت پيش نياز و درخت انتقال .
1 - درخت واقعيتهاي جاري –) (CRT : Current Reality Tree :
ابزاري براي تحليل مسئله و بررسي وضعيت جاري با منطق علت و معلولي است. پس از بررسي وضعيت فعلي، به تعداد محـــدودي علت اصلي و ريشه اي دست پيدا مي كنيم.
2 - نمودار رفع ناسازگاري – (CRD : Conflict Resolution Diagram) :
اين نمودارمي تواند به عنوان موتوري خلاق براي ايجاد راه حلهاي نو و بنيادين براي مشكلات عمل كند و مبتني بر اين عقيده است كه مشكلات اصلي و مزمن سازمان به دليل برخي از ناسازگاريها و تضادهاي زيربنايي و نهفته كه راه حل مستقيم و مشخص براي آنها امكان پذير نيست، به وجود مي آيند.
3 - درخت واقعيتهاي آتي- (FRT : Future Reality Tree) :
اين مرحله با دو هدف عمده به وجود مي آيد، نخست صحت مطلوب بودن نتيجه حاصل از تغيير و دوم بررسي اثرات نامطلوب احتمالي جديد و تلاش در جلوگيري از ايجاد و گسترش آنها.
4 - درخت پيش نياز – ( PRT : Prerequiste Tree ):
اين مرحله چگونگي انجام تغيير را در اختيار ما قرار مي دهد و در به اجرا درآوردن مراحل عملي تصميم اتخاذشده كمك مي كند، اين ابزار موانع را تعيين كرده و بهترين راه حل را ارائه مي نمايد، علاوه بر آن توالي عمليات ضروري براي انجام مراحل را نيز مشخص مي كند.
5 - درخت انتقال - (TT : Transition Tree) :
ارائه دستورالعمل قدم به قدم اجراي مراحل به اين وسيله صورت مي گيرد و نقشه جزئي تري از مسير به سمت مقصد است و چگونگي انجام تغيير را مشخص مي سازد.