در ميان شاهان سلسله صفويان که حدود 230 سال بر ايران حاکم بودند تنها شاه اسماعيل اول و شاه طهماسب اول بر روي پرچم خود نقش شير و خورشيد نداشتند. پرچم شاه اسماعيل يکسره سبز رنگ بود و بر بالاي آن تصوير ماه قرار داشت. شاه طهماسب نيز چون خود زادهً ماه فروردين ( برج حمل ) بود دستور داد به جاي شير و خورشيد تصوير گوسفند ( نماد برج حمل ) را هم بر روي پرچمها و هم بر سکه ها ترسيم کنند.

پرچم ايران در بقيهً دوران حاکميت صفويان سبز رنگ بود و شير و خورشيد را بر روي آن زردوزي مي کردند. البته موقعيت و طرز قرارگرفتن شير در همهً اين پرچمها يکسان نبوده، شير گه نشسته بوده، گاه نيمرخ و گاه رو به سوي بيننده. در بعضي موارد هم خورشيد از شير جدا بوده و گاه چسبيده به آن. به استناد سياحت نامهً ژان شاردن جهانگرد فرانسوي استفاده او بيرق هاي نوک تيز و باريک که بر روي آن آيه اي از قرآن و تصوير شمشير دوسر علي يا شير خورشيد بوده، در دوران صفويان رسم بوده است. به نظر مي آيد که پرچم ايران تا زمان قاجارها، مانند پرچم اعراب، سه گوشه بوده نه چهارگوش.