پس از آغاز به کار دولت دهم در شهریور ماه سال 88، بر اساس یک روال همیشگی در آغاز به کار دولتها، برخی روسای دانشگاهها به دلیل شرایط کاری و برخی به دلیل ادامه تحصیل، تغییر سمت می دهند که در این دوره نیز این روال انجام شد.
دکتر مرضیه وحیددستجردی وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در روزهای اولیه آغاز به کار در وزارت بهداشت در خصوص تغییرات روسای دانشگاههای علوم پزشکی کشور به مهر گفته بود: تمایلی به برکناری هیچ یک از روسای دانشگاهها وجود ندارد اما در این میان برخی از روسای دانشگاهها ابراز تمایل کرده اند که ادامه فعالیت نداشته باشند.
از میان 46 دانشکده و دانشگاه علوم پزشکی کشور تاکنون سرپرست یا ریاست 23 دانشگاه تغییر کرده است که برخی از آنها در دانشگاههای علوم پزشکی جابجا شده اند، برخی دیگر نیز در کسوت هیئت علمی به فعالیت خود ادامه دادند.
اولین تغییر رئیس دانشگاه مربوط به دانشگاه علوم پزشکی اردبیل در تاریخ چهارم مهرماه سال 88 بود. دکترعلیرضا آقاجعفری به عنوان سرپرست جدید دانشگاه علوم پزشکی اردبیل منصوب می شود اما در 14 آبان ماه دکتر فرهاد پورفرضی عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی اردبیل بر اساس حکم وزیر بهداشت به عنوان سرپرست دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی اردبیل منصوب می شود.
آخرین تغییرات روسای دانشگاه ها نیز به تغییر دو رئیس و سرپرست دانشگاههای علوم پزشکی کرمانشاه و کاشان در روز 15 دی ماه 89 مربوط می شود که نکته جالب اطلاق عنوان سرپرست موقت برای دکتر محمدحسین اعرابی سرپرست دانشگاه علوم پزشکی کاشان است.
در این تغییرات دکتر محمدرضا نیکبخت رئیس دانشگاه علوم پزشکی کاشان به جای دکتر صمد نوری زاد ریاست دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه را برعهده گرفته است و دکتر محمدحسین اعرابی جای دکتر محمدرضا نیکبخت سرپرستی دانشگاه علوم پزشکی کاشان را گرفت.