امام باقرعليه السلام براى از بين بردن حاكمان ، به قيام علنى روى نياورد؛ زيراشرايط را مناسب نمى ديد و ياران كافى در اطراف خويش سراغ نداشت . البته آنحضرت منكر جهاد و مبارزه علنى و مسلحانه عليه حكّام فاسد نبود؛ چنان كهنقل است كه فرموده است :
هر گاه به شمار اهل بدر (سيصد و سيزده نفر) گرد امام جمع شوند، بر امام واجب مىشود كه قيام كند و عليه حكومت به نبرد برخيزد.(123)
ولى آن حضرت نفرت خود را همواره از فرمانروايان ناصالح آشكار مى كرد و در بخشىاز روايات با صراحت جبّاران را همواره نكوهيده است من جمله در روايتى آن حضرت از جدّخويش پيامبر اسلام صلى الله عليه و آله نقل كرده است :
دو گروهند كه شفاعت من شامل آنان نخواهد شد: سلطان بيدادگر و مستبد و شخصى كه دردين غلو و تندروى دارد و از باورهاى دينى برگشته است واهل توبه و بازنگرى نيست .(124)
بدبينى امام باقرعليه السلام نسبت به حاكمان فاسد عصر خويش ، چيزى نبود كه ازنظرها مخفى باشد يكى از افراد معروف نخع با شناختى كه از امام باقرعليه السلامدارد و مى داند كه آن حضرت ، عملكرد حاكمان عصرش را نادرست و ظالمانه مى شمارد،به ايشان عرض مى كند كه من از زمان حجاج تاكنون والى بوده ام ، آيا راهى براىتوبه من هست ؟ حضرت سكوت مى كند. مرد سؤ الش را تكرار مى كند. امام مى فرمايد:
راهى براى توبه نيست مگر اين كه هر حقى را از مردم ضايع كرده اى به آنانبازگردانى .(125)
امام باقرعليه السلام شيعيان را از نزديك شدن به سلاطين و حتى برقرار نمودنروابط اقتصادى با آنان منع مى فرمودند. ابوبصير مى گويد از امام باقرعليه السلامدرباره اشتغال به كار در امور حكومتى و استخدام در كارهايشان سؤال كردم . امام باقرعليه السلام فرمود:
هرگز به خدمت آنان در نياييد حتى به اندازه يك مرتبه فرو بردن قلم در مركّب ؛ زيراهيچ كس به خدمت ايشان در نمى آيد و از مزاياى مادّى آنان بهره اى نمى گيرد، مگر اين كهبه همان اندازه به دين او لطمه مى زنند.(126)
آنچه در زندگى امام باقرعليه السلام و ديگر امامان مى بينيم ، اين است كه افزون برويژگى هايى كه در شخصيت آنان بوده كه موجب مى شده حكومت هاى جور متعرّض آنانشوند، بينش هاى سياسى آنان باعث احساس خطر حاكمان مى شده است . شخصيّت اجتماعىتا زمانى كه فاقد بينش خاصّ سياسى باشد، مورد تعرّض ‍ واقع نمى شود؛ مثلا خطبهاى امام باقرعليه السلام در مكه ايراد نمودند، زمانى كه هشام بن عبدالملك هم براى حجآمده بود.(127) از جمله سخنان آن حضرت چنين بود:
ما خلفاى الهى هستيم . پس آن كسى كه از ما پيروى كند، سعادتمند است و كسى كه ما رادشمن بدارد و با ما مخالفت كند، نگونبخت است .
هشام كه صلاح نديد در چنان شرايطى متعزض امام باقرعليه السلام شود، آن حضرت وفرزند گرامى اش را به دمشق احضار نمود.(128)
هشام بن عبدالملك با تدابيرى زيد بن حسن را، كه مدّعى بود چون ازنسل حسن بن على عليه السلام است و امام باقر ازنسل حسين بن على عليه السلام است و او از نسل فرزند بزرگ تر است پس به امامتسزاوارتر است ، عليه آن حضرت به كار گرفت . زيد بن حسن نيز با تدبيرى زيناسب را آغشته به سمّ كرد و از اين طريق امام باقرعليه السلام را مسموم ساخت و بهشهادت رسانيد. بنابراين ، هشام توانست به صورت مخفى و به وسيله فردى از خاندانعلى عليه السلام آن حضرت را به شهادت برساند.(129)