به طور کلی هخامنشیان در طول دوران حکومت خود شش پایتخت داشته اند که عبارتند از : انشان ، هگمتانه ، بابل ، شوش ، پاسارگاد و تخت جمشید.
دو پایتخت پاسارگاد و تخت جمشید جدیدالتأسیس بودند و توسط هخامنشیان بنا شدند. پاسارگاد توسط کورش کبیر و تخت جمشید توسط داریوش هخامنشی احداث شد.

بنای پاسارگاد توسط کورش
مکانی که کورش بزرگ در پاسارگاد آغاز به ساختن آن کرد ، در مقایسه با قلعه های کوهستانی مادی ، تفاوت داشت ، اما از بعد فقدان نظام و جوهره شهری با آنها مشترک بود.

پاسارگاد مجموعه ای است از کاخها ، عمارات دولتی ، آثار مذهبی ، یک صفه دژ مانند و گور کوروش ، که جدا از یکدیگر در دشت مرغاب واقع‌اند و قسمتهایی از آن نیز به کمک مجاری آبیاری به چمنزار و باغ بدل شده است.

بنای تخت جمشید توسط داریوش
داریوش اول نیز به ایجاد ساختمانهایی در پاسارگاد ادامه داد لیکن اقامتگاه شاهی خود را به 80 کیلومتری جنوب پاسارگاد ، یعنی جلگه حاصلخیزتر و زیبای مرودشت ، منتقل کرد که قبلاً شهر انشان در آنجا رونق یافته بود. گرچه این اقامتگاه شاهی که تخت جمشید یا پرسپولیس نام گرفته دارای طرحی بسیار متمرکزتر است ، اما چندان بی شباهت به طرح پاسارگاد نیست.

ساختار و نقشه تخت جمشید
صفه تخت جمشید را کاخها ، تالارهای بارعام ، خزانه و پلکان با شکوه روبازی اشغال می‌کرد و حفاظت آن را استحکاماتی از خشت خام بر ستیغ کوه مجاور ، به نام کوه رحمت ، تأمین می نمود.

نگاهی به پایتخت ها هخامنشی
شوش نیز که ظاهراً نخستین اقامتگاه داریوش بوده است دارای وضعیت مشابهی است. بنابراین شوش ، تخت جمشید و پاسارگاد ، سه پایتخت شاهنشاهی که نسبتاً به خوبی بررسی شده اند، و همچنین اکباتان چهارمین پایتخت آنان که کمتر شناخته شده است ، باید شهرهای مسکونی فرمانروایان بوده باشند، تا اقامتگاههایی که جنبه شهریت داشته‌اند و نباید آنها را با شهرهای امروزی یا قرون اخیر مقایسه کرد.

پایتخت سلسله های بعدی
در حدود 300 ق . م. شالوده ، سلوکیه پایتخت سلوکیان ، در غرب رود دجله و در ناحیه مدائن ریخته شد. در ناحیه مدائن شهرهای تیسفون در شرق دجله ، و سلوکیه و وه‌اردشیر در غرب دجله ، مستقر بوده‌اند ، که البته موقعیت مکانی دقیق آنها روشن نیست.

البته تیسفون شهری پارتی (اشکانی) و وه‌اردشیر شهری ساسانی است که در طول زمان در ناحیه مدائن و یا تیسفون شکل گرفته و در مواردی از مکانی به مکان دیگر جا به جا شده اند. در واقع در این منطقه یک مجموعه شهری وجود داشته است (هوف ، نظری اجمالی به پایتختهای قبل از اسلام) .