الگوي مارکوف پنهان دو طرفه با حافظه خطي

الگوي مارکوف پنهان دو طرفه با حافظه خطي اجلالي نسيم*,پزشك حميد * دانشکده رياضي، آمار و علوم کامپيوتر و قطب زيست رياضي، دانشگاه تهران و پژوهشگاه دانشهاي بنيادي

الگوي مارکوف پنهان در مسايل بيوانفورماتيک کاربرد فراواني دارد. براي مثال اين الگو در هم رديفي دنباله ها، تفسير خانواده هاي پروتئين و پيش بيني ژن بکار مي رود. پارامترهاي اين الگو از طريق الگوريتم بام-ولش تعليمي که يک الگوريتم EM است برآورد مي شود. بکارگيري کارآمدترين الگوريتمها براي دنباله هاي طويل نيازمند حجم وسيعي از حافظه مي باشد. در اين مقاله روش هاي مختلفي از جمله استراتژي پيشرو و استراتژي پسرو را که به منظور کاهش حافظه اين الگوريتم ارايه شده اند معرفي مي کنيم. در ادامه الگوريتمي براساس مشاهدات از راست به چپ و از چپ به راست اعضاي دنباله ارايه مي شود که داراي حافظه خطي است. کارايي اين الگوريتم بر روي داده هاي شبيه سازي شده از پروتئين ها بررسي مي شود.

كليد واژه: الگوي مارکوف پنهان، الگوريتم بام-ولش، الگوي دو طرفه، الگوي مارکوف پنهان پروفايل، حافظه خطي http://pnu-club.com/imported/2010/10/34.gif